小RNA(Small RNA)是一類長(zhǎng)度在18-30nt的內(nèi)源性RNA分子,主要包括miRNA、siRNA和piRNA等,是生命活動(dòng)重要的調(diào)控因子,在基因表達(dá)調(diào)控、生物個(gè)體發(fā)育、代謝及疾病的發(fā)生等生理過(guò)程中起著重要的作用。Small RNA測(cè)序(Small RNA-seq)是利用第二代高通量測(cè)序技術(shù),對(duì)特定狀態(tài)下細(xì)胞或者組織中的全部Small RNA進(jìn)行深度測(cè)序,實(shí)現(xiàn)Small RNA序列的鑒定、靶基因分析和功能注釋等多項(xiàng)分析。
3、低成本,高準(zhǔn)確性,大幅降低了測(cè)序時(shí)間
4、數(shù)字化信號(hào),直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列,單核苷酸分辨率的精確度
5、高深度的測(cè)序數(shù)據(jù),檢測(cè)新的miRNA
樣本類型 | 建議送樣量 | 存儲(chǔ)介質(zhì) | 保存、運(yùn)輸條件 |
組織 | >50mg | 1.RNA later; 2.存入凍存管; 3.大塊組織樣本不建議放入trizol保存; 4.1.5ml無(wú)菌離心管 | -80℃保存,干冰運(yùn)輸 |
細(xì)胞 | >2 x 10^6 | 1.收集的細(xì)胞沉淀,加入1ml trizol震蕩混勻-80度保存; 2.收集的細(xì)胞沉淀,液氮速凍5-10min,-80℃冰箱保存; | -80℃保存,干冰運(yùn)輸 |
全血 | >1ml | A.采用EDTA抗凝管采血,禁用肝素抗凝管,新鮮血液效果更佳。 B.或者分離出PBMC加 trizol 混勻。 C.或者全血離心去掉血漿加 trizol 混勻。 D.或者使用PAXgene Blood RNA Tube靜脈真空采血管(全血RNA管) PS:請(qǐng)盡量不使用RNA later保存全血。 | -80℃保存,干冰/4度(新鮮)運(yùn)輸 |
FFPE | A.切片組織面積大于1cm2,切片表面無(wú)劃痕,無(wú)干裂,均勻貼片的石蠟切片; B.切片組織細(xì)胞>30000個(gè);有核細(xì)胞比例>80%;腫瘤細(xì)胞比例>20%,白片厚度5~ 10um,需3-5片,組織面積偏小或細(xì)胞核占比未達(dá)80%以上,需提供5-12片; C.石蠟塊:厚度4mm以上,組織約綠豆大小以上; D.蠟卷:厚度25um左右,2-5卷 | / | 4℃或常溫保存和運(yùn)輸 |
RNA | >1ug | DEPC水;Water Nuclease-Free | -80℃保存,干冰運(yùn)輸 |