全轉(zhuǎn)錄組即特定細胞或組織在某一功能狀態(tài)下所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物 (mRNA、 LncRNA、 CircRNA 以及 microRNA) 的合集。全轉(zhuǎn)錄組測序可對同一個樣品同時進行 mRNA、 LncRNA、 CircRNA 和 microRNA 的單獨分析,還可進行多種 RNA聯(lián)合分析以及內(nèi)源競爭性 RNA 整合分析,分子標記篩選等,探究其潛在的調(diào)控網(wǎng)絡機制,全面的揭示轉(zhuǎn)錄調(diào)控問題。主要應用于免疫機制、疾病領域、發(fā)育進化、致病機理和藥物靶標等方面的研究。
全轉(zhuǎn)錄組是轉(zhuǎn)錄組測序的一站式解決方案,對一份樣品建兩個文庫,獲取 4 種 RNA 的測序結(jié)果進行分別分析與聯(lián)合分析,并對 LncRNA 與 CricRNA 這類具有 microRNA 結(jié)合位點的非編碼 RNA 進行 ceRNA 分析,深度挖掘基因功能及調(diào)控機制,解析 RNA 分子間調(diào)控模式。
3、低成本,高準確性,大幅降低了測序時間
4、數(shù)字化信號,直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列,單核苷酸分辨率的精確度
5、利用高深度的測序數(shù)據(jù)組裝構(gòu)建轉(zhuǎn)錄本序列,識別可變剪接模式
樣本類型 | 建議送樣量 | 存儲介質(zhì) | 保存、運輸條件 |
組織 | >50mg | 1.RNA later; 2.存入凍存管; 3.大塊組織樣本不建議放入trizol保存; 4.1.5ml無菌離心管 | -80℃保存,干冰運輸 |
細胞 | >2 x 10^6 | 1.收集的細胞沉淀,加入1ml trizol震蕩混勻-80度保存; 2.收集的細胞沉淀,液氮速凍5-10min,-80℃冰箱保存; | -80℃保存,干冰運輸 |
全血 | >1ml | A.采用EDTA抗凝管采血,禁用肝素抗凝管,新鮮血液效果更佳。 B.或者分離出PBMC加 trizol 混勻。 C.或者全血離心去掉血漿加 trizol 混勻。 D.或者使用PAXgene Blood RNA Tube靜脈真空采血管(全血RNA管) PS:請盡量不使用RNA later保存全血。 | -80℃保存,干冰/4度(新鮮)運輸 |
FFPE | A.切片組織面積大于1cm2,切片表面無劃痕,無干裂,均勻貼片的石蠟切片; B.切片組織細胞>30000個;有核細胞比例>80%;腫瘤細胞比例>20%,白片厚度5~ 10um,需3-5片,組織面積偏小或細胞核占比未達80%以上,需提供5-12片; C.石蠟塊:厚度4mm以上,組織約綠豆大小以上; D.蠟卷:厚度25um左右,2-5卷 | / | 4℃或常溫保存和運輸 |
RNA | >1ug | DEPC水;Water Nuclease-Free | -80℃保存,干冰運輸 |